Superboy es un clon creado a partir del ADN de Superman (en oposición es una versión joven de Kal-El), quien fue introducido al universo de DC en 1993. Fue creado gracias al Proyecto Cadmus para reemplazar a Superman luego de que este haya muerto en esos tiempos, a la vez se lo envejeció hasta una edad adolescente, mientras le implantaban conocimientos acordes a alguien de su 'supuesta' edad. Antes de que el experimento pudiera finalizar, colocándole una edad igual a la de Superman, fue liberado por los Newsboy Legion y escapó. Uno de los niños le dio una chaqueta antes de que él se perdiera en la ciudad.
Superboy amaba ser el centro de atención, y a esto sumado que al principio no era muy cauteloso. Steel le dice unas palabras al chico, anunciándole que no busque ser como Superman sólo por la gloria, y en un pequeño descuido que Superboy tiene, muere el piloto del helicóptero del Diario el Planeta. Enojado por lo que había sucedido, el chico planeaba dejar a Steel entre las llamas, pero luego reflexiona y piensa mejor las palabras que éste le había dicho, y lo saca del peligro.Superboy es interceptado por Superchica/Matrix para trabajar con ella en Lex Corp. Al principio él estaba interesado en esto, al mismo tiempo Tana y la WGBS llegan a él primero para decirle que firme un contrato para que su representante sea Rex Leech. Al mismo tiempo conoce a la hija de Rex, Roxy Leech. Vinnie Edge, ansioso por aumentar su audiencia, contrata a un villano llamado Stinger para que éste ataque en vivo en la televisión a Superboy. Luego de una reñida batalla entre ambos, Superchica aparece, pero aún así ni siquiera los dos son capaces de detener a Stinger de destruir Hobsneck Bridge, uno de los principales puentes de Metropolis. Superboy y Superchica trabajan juntos para salvar vidas humanas, tirando a muchas personas dentro de sus autos hacia el río, antes de que Superchica le tuviera que decir a Lex que Superboy había rechazado su propuesta de trabajo.
Luego de que Ciudad Costera fuera destruida, Superboy es engañado por Cyborg Superman, para que se una a una investigación simulada. Ésto resulta ser una trampa, y el chico es vencido por el Cyborg quien lo encarcela en Ciudad Motor. El Cyborg revela sus planes a su servidor, Mongul, y al chico mientras se encuentra prisionero. A la vez, el Cyborg utiliza la imagen de Superboy para engañar a la Liga de la Justicia de América para salirse del mundo en busca de los destructores de Ciudad Costera. Sin saberlo por parte del Cyborg, Mongul revela su plan de destruir Metropolis junto con el chico, esperando que esto hiciera que el chico pidiera que lo soltaran para luego ponerse del lado del gran maestro Mongul. Superboy logra escapar y regresa a toda velocidad a Metropolis para encontrarse con Luthor, Lois Lane y Superchica quienes se reunieron cerca del puerto. El chico les dice que fue el Cyborg, y no el Eradicator, quien destruyó Ciudad Costera, y que a la vez tenía la intención de hacer lo mismo con Metropolis, y en ese momento un Traje de Guerra Kryptoniano aparece emergiendo del fondo del mar. Se trata del verdadero Superman, quien sin embargo no esta con todas sus fuerzas ya que trae un traje negro de recuperación. Mientras Superboy y Steel se muestran escépticos sobre los reclamos, ellos se unen para atacar Ciudad Motor. Allí descubren un inmenso misil capaz de destruir por completo Metropolis. Superboy se aferra al misil luego de que Cyborg Superman lo lanzara, y logra desviarlo salvando de esa manera Metropolis.
A pesar de sus heridas, el niño se unió a la batalla en Ciudad Motor, salvando la vida de Steel. Él reconoce luego de derrotar al Cybrog que ése hombre vestido de negro, era el único y verdadero Superman. Más tarde, él regresa a Metropolis con Superchica y Steel. Tana va a visitarlo, diciéndole a él que dejaría su trabajo y se iría de Metropolis para siempre.
Luego de varias semanas de viaje, Superboy llega a Hawai. Con él llegan Rex Leech, Roxy Leech, y Dubbilex. Luego de una lucha contra Sidearm en la playa, Superboy se entera de que Tana Moon se había trasladado a Hawai. Superboy decide quedarse en las islas, estilizándose a sí mismo como el "héroe de Hawai". Superboy conoce a Knockout y el loco Scavenger, la primera un estilo de stripper super fuerte, mientras que el segundo era un hombre obsesionado con adquirir más armas para su arsenal. La batalla de Superboy con éste último se llevó a cabo sobre la mítica Spear of Lono. Luego de esta batalla, Superboy se enferma. Su estado empeora y por ello debe ser trasladado una vez más a Metropolis, luego de una batalla breve con Silver Sword, un aspirante a héroe quien se volvió un matón ya que pensó que era lo mejor para las islas. Superboy colapsa al final de la batalla y la armada toma la custodia de Silver Sword.
Superboy estaba sufriendo por una peste llamada Clone, la cual afectaba a todos los Underworlders (lo que la ciencia salió mal) y también a los demás clones de Cadmus (incluido Lex Luthor II). Superboy logra curarse con éxito, quien es el primero de los pocos sobrevivientes luego de los esfuerzos de Cadmus. Superboy tuvo que luchar contra algunos tipos del Equipo Luthor cuando éstos intentaron robar la cura de Cadmus. Luego se une a Superman y Superchica en el caer de Metropolis, tratando de minimizar el daño tanto como sea posible, y juntos atraparon a Lex Luthor, a pesar de que la mayoría de la ciudad había sido dañada. Cadmus había sufrido daños importantes (y Paul Westfield había sido asesinado por Dabney Donovan, pero la mayoría de los clones habían sobrevivido). Superboy se queda un tiempo en Metropolis, luchando contra Parasite, y queda atrapado cuando las lineas temporales de los mundos se chocan.
Muy a su pesar, a Dubbilex le pidió que tomara a Krypto y Bibbo Bibbowski (entre los dos no se importaban). En su camino de regreso a Hawai, Superboy es forzado a hacer un parate en Smallville, donde conoce a los Kent. A la vez conoce el universo de bolsillo de Superboy, que estaba allí debido a los efectos en el cambio del tiempo. Esto fue antes de Hora Cero, y luego el chico debe unirse a los héroes ante este crisis. En este tiempo, Superboy se entera que el donante de ADN para él, había sido el fallecido director de Cadmus, Paul Westfield. Ésta revelación a la vez vino con otra de parte de Robert Packard, diciendo que Superboy era la decimotercera prueba/intento de Cadmus de clonar a Superman. La primera había utilizado la técnica de Bizarro del Doctor Teng, dando por resultado Superboy Bizarro, quien todavía estaba en poder del laboratorio. Ese Bizarro muere, pero fallece al poco tiempo. Una vez de regreso a Hawai, Tana le organiza una fiesta de cumpleaños (haciendo oficial el hecho de que Superboy cumplía un año).
Luego de regresar a Hawai, Superboy comienza a tener su propia fila de enemigos. Entre ellos está King Shark B.E.M., Techno, y los Silicon Dragons. Todas las historias generalmente eran de la misma manera, con un Superboy siendo inmaduro al principio, y al final teniendo un comportamiento más maduro. Superboy además choca contra Aquaman en Pearl Harbor, donde el rey de los mares pone al niño en su lugar con la ayuda de un grupo de ballenas azules.Gracias al Doctor Emil Hamilton, Superboy adquiere una visera que simula los rayos X de Superman, es decir el calor y los poderes de infra-visión. Él conoce a Hamilton mientras en científico se encuentra de vacaciones en Hawai y sin querer ayuda a Superboy en derrotar a Sidearm, quien justo vuelve a aparecer. Superboy además se instala en una nueva residencia llamada Compound, en un lugar apartado cerca de la playa, con los Leech y Dubbilex.
A este tiempo, Superboy oficialmente ya estaba involucrado en algo con Tana Moon. Un agente especial, llamado Sam Makoa, decide organizar un equipo especial para ir a luchar contra los Silicon Dragons. Éste termina siendo el Escuadrón Suicida de Amanda Walker. Superboy se vio forzado a estar en el equipo, el cual estaba formado por Knockout, Sidearm, King Shark, Captain Boomerang, y Deadshot. Luego de la muerte de Sidearm, y de las supuestas muertes de Knockout y King Shark, la misión es un éxito al intentar destruir la guarida de los Silicon Dragons, a pesar de que su líder, Lady Dragon, escapa luego de una batalla uno contra uno contra el chico. Superboy pierde su visor en esta aventura, y ve más muertes de las que él creía que vería.
Luego, Superboy es informado por el estado, en específico por un hombre llamado Mack Harlin, que debería empezar a asistir a la escuela. Él se inscribe en la escuela local donde conocer nuevos amigos, incluida Hillary Chang, y descubre que estaba llegando al final de todos los conocimientos que Cadmus le había implantado. Cuando él no intenta impresionar a sus compañeros de clase o salir con Tana, Superboy encuentra algo de tiempo para lo que es la violencia gratuita, como pelearse con Loose Cannon o reunirse con Loophole. Cuando inexplicablemente Roxy se va a Las Vegas, Superboy la sigue presintiendo que había un problema. Roxy estaba intentando poner algunas cosas de su pasado en el olvido, ya que decide enrolarse en la policía de Hawai, lo cual la llevó a enfrentarse con un ex-novio llamado Neon. Luego de una breve batalla, Neon se inmola y hace detonar una bomba en una gasolinera. Luego de esto Superboy y Roxy retornar a casa.Superboy luego se ve forzado a luchar contra Valor, quien estaba con amnesia y a la vez luchando bajo el nombre de Champion. Knockout, viva y muy bien, decide unirse a la batalla. Cuando Valor recupera la memoria, se da cuenta de que está muriendo a causa de envenenamiento con plomo. Mientras Knockout se encarga de Mr. Gamboli, quien estaba siendo controlado por Valor, Superboy ayuda a éste a escapar de la Zona Fantasma para salvar su vida.
Superboy también trabaja con Linterna Verde/Kyle Rayner, en una revancha con Scavenger y en el primer encuentro con el horrible y nuevo mutante Black Manta.
Centurión Alpha recluta a Superboy en el Escuadrón de Rescate Superman, luego de que el hombre de acero es secuestrado por uno alienígenas llamados El Tribunal. Superboy se une a Centurión Alpha, Superchica, Eradicator, y Steel, y dejan la tierra para encontrar a Superman. En el viaje, Superboy el confiesa a los demás que él no confía en Centurión, ya que piensa que es Cyborg Superman disfrazado. Sus sospechas parecen ser confirmada luego, cuando en medio de una batalla Centurión los deja, y Cyborg Superman aparece al instante que éste se va. El Cyborg fácilmente derrota a todo el equipo y los entrega al Tribunal. Mientras se encuentra como prisionero, Superboy es puesto en la misma celda que Centurión, pero ésto no lo termina de convencer de que él piensa que es un doble agente. Solamente admite su error cuando más tarde los ve luchar a ambos uno contra otro. El equipo logra liberarse y va tras Superman, quien se está enfrentado al Tribunal. El Tribunal admite un error en sus razonamientos, y exonera a Superman por sus crímenes. El equipo regresa triunfalmente a la tierra.
Superboy conoce a la Legión de Super Héroes quienes vienen al pasado buscándolo para salvar la vida de Valor. Superboy les explica lo que sucedió, y acompaña a la Legión al siglo 30 para ayudar a Valor. Éste es liberado de la Zona Fantasma en su propio tiempo, y decide luchar bajo el nombre de M'onel hasta gastar el traje de Superman. La Legión premia a Superboy haciéndolo Legionario honorario, y dándole su anillo de vuelo antes de regresar a su casa.Una vez ya en el presente, luego de su viaje con La Legión, Superboy encuentra que Knockout estaba esperándolo en Compound. Ella quiere que él sea su compañero, amando el calor de la batalla más que nada. Juntos luchan contra Killer Frost, el Technician, y Silver Sword. Knockout le enseña a Superboy formas nuevas y creativas de utilizar sus poderes. Superboy recupera su visor, pero lo destruye, razonando de que él lo volvería a perder.
Superboy y Knockout son atacados por las Female Furies, revelándose que Knockout era una de las "hermanas perdidas". Una lucha intensa se produce en la Escuela Secundaria de Superboy, con el chico y su compañera severamente superados. Gracias a Dubbilex, sin embargo, las Female Furies son eliminadas dejando casi toda la secundaria en ruinas. Esto hace decidir al gobierno que Superboy debía educarse en su casa, poniendo fin a su breve travesía por la secundaria. Durante la batalla, Knockout mata a un policía. Dubbilex descubre lo que había sucedido y la policía intenta apresar a Knockout. Superboy se niega a creer en la evidencia contra su compañera, sin embargo, y luego de un enfrentamiento con Snare y el SCU en el Compound, ambos deciden ir a favor de lo que dice la ley. A partir de esto Superboy rompe con Tana Moon. Esto llevó a una lucha en la playa entre Superchica y Knockout. Luego de que Sparx ayuda a separarlas, Superchica rasga el símbolo de la S de la ropa de Superboy a causa de su iniquidad. Sin embargo, Superboy seguía ciego diciendo que él estaba en lo correcto y que nadie entendía a Knockout. Las verdaderas intenciones de su ex-compañera son reveladas durante un encuentro con Victor Volcaneum, quien se había levantado una isla para sí mismo cerca de Hawai. Knockout primero intenta llegar a Superboy para luego matarlo con sus propias manos. En este acto, Superboy se da cuenta que ella no lo amaba como él pensaba, sino que simplemente ella lo había estado usando. Superboy aprende a Knockout, en parte gracias a la información de cómo usar sus poderes, colocándola en la isla que se hundía bajo las olas. Roxy recupera el símbolo de la S y se lo vuelve a colocar en sus ropas.
Superboy luego reanuda su relación con Tana, justo antes de que Roxy revelara a él que durante la Noche Final ella siempre lo ha amado. A pesar de dicha confesión, Superboy no le es correspondido ya que sigue amando a Tana. Sin embargo Roxy no podía dejar así de fácil los sentimientos por Superboy. Mientras ayuda a Dubbilex en la recuperación de una herida, una organización llamada Agenda enviada por Amanda Spence va a secuestrar a Superboy. Spence tiene éxito, y secuestra a Superboy luego de derrotarlo en Compound.
Siendo desconocido por le chico, Agenda infectó en Superboy un virus el cual comenzó a afectar su ADN. Éste no se manifestó al instante, pero se mantuvo latente durante varias semanas, hasta que en una revancha contra Copperhead se dio a conocer claramente que estaba enfermo. Cuando los Laboratorios S.T.A.R. no pueden ayudarlo en su condición, Superboy regresa rápidamente al Proyecto Cadmus. Allí logran frenar la enfermedad, pero no pueden curarla. Superman, Superchica y Stell acuden a su ayuda, para buscar pistas que puedan salvarlo. Los Directores no hablan, sin embargo, Superman es capaz de localizar a Match quien podría servir de donante para Superboy. Pero el clon no está interesado en el tema y escapa. A pesar de esto, Amanda Spencer le ofrece una cura explicando que él necesita el ADN del donante reparar la rotura en su propio ADN. Roxy Leech se ofrece para ser parte del procedimiento y así restaurar el ADN del chico curando el virus. El plan fue un éxito, a pesar del efecto secundario que deja a Superboy encerrado en la edad de 16 años. Superboy es aplastado en las noticias, teniendo él siempre el sueño de tomar el lugar de Superman un día. Un corazón a corazón con Superman hizo que el chico se sintiera un poco mejor.
Las cosas comenzaron a ir mal cuando regresa a Hawai. La Legión de Super-Héroes aparece, quienes están enojados con Superboy ya que él le había regalado su anillo de vuelo a Roxy. Superboy logra arreglar las cosas con ellos durante su batalla contra Silver Sword. Sin embargo su constante actitud de que no le importa nada le preocupaba a Tana (quien también se sentía incomoda con la eterna adolescencia de Superboy). A pesar de intentar mostar su responsabilidad con las cosas, Tana rompe con Superboy.
Superboy decide viajar para despejar su mente. Se detiene en Ciudad Jersey y le pregunta a Natasha Irons, la sobrina de Steel, si quiere tener una cita. Natasha se divierte en la salida, pero ella le dice que no quiere tener una relación ahora ya que él todavía sigue enamorado de Tana.
Silver Sword finalmente es vencido gracias a la ayuda de Kyle Rayner/Linterna Verde. Él había estado bajo el servicio de un ser llamado Pele, quien él creía que era una diosa hawaiana nativa, pero en la batalla contra los dos super-héroes él se da cuenta que ella no era una diosa benevolente. Él va contra ella, y se produce su muerte. Pele es derrotada, pero Superboy se siente de todo menos heroico. Más que nunca se siente aislado.
Superboy, luego de trucos publicitarios errados y la vacilante opinión de la gente de Hawai y el extranjero, desaparece sin dejar rastro alguno durante un vuelo de regreso a Hawai, y queda atrapado en una tormenta. A raíz de esto lo que pasó fue lo siguiente: Rex fue tras sus pasos, Roxy fue a buscarlo, Tana dejó la isla para buscar información sobre su paradero, Dubbilex fue llamado nuevamente por Cadmus, y Krypto fue dejado con Hillary Chang.Superboy despierta inconsciente en las Tierras Salvajes, una tierra de humanos-animales antropomorfos, una homenaje al Kamandi, el último chico en la Tierra, de Jack Kirby. Superboy rápidamente recupera la memoria y teme al pensar que se encuentra en un futuro lejano. Luego de una prueba y varios desafíos, Superboy y otros humanos que se encontraban en las Tierras Salvajes se las arreglan para escapar de allí. El chico se hace amigo de los Wild Men quienes deciden recorrer el mundo e irse al lado de Superboy. Al instante se dan cuenta que no están en un futuro lejano, sino que sólo unos meses han pasado desde la desaparición del chico. Las islas fueron creadas por un precursor del Proyecto Cadmus (en un experimento de la década del '40 llamado Proyecto Moreau). De regreso a Hawai, Superboy se entera que todos sus amigos se habían marchado, y se da cuenta que ya no había nada para él allí.
Él se reincorpora a Cadmus y comienza a trabajar como un agente de campo junto con Dubbilex y Guardián, luego de dejar a Krypto con su amiga Hillary Chang. En su primera misión viajaron a París para enfrentarse nuevamente contra Agenda, en específico el Director Alpha. También se encuentra con Grokk, la gárgola viviente y la super-modelo llamada "Hex", quien dice ser Jonah Hex. Ellos regresan a Grokk al Proyecto Cadmus, donde Superboy conoce al nuevo director, Mickey "El mecánico" Cannon, el nuevo enlace militar, Col. Adam Winterbourne (uno de los hombres que Superboy rescató de las Tierras Salvajes), y uno de los nuevos científicos, Serlin Roquette. Al principio se encuentra feliz de haber vuelto al proyecto, pero se enloquece cuando Mickey le dispara a los científicos de cabeza (los originales Newboy Legion), y le ordena que se vaya con sus clones.
Superboy fue uno de los miembros fundadores del equipo conocido como Justicia Joven, junto con Robin /Tim Drake e Impulso. El equipo, compuesto por estos tres jóvenes héroes, decidió "acampar" en la vieja cueva de la Liga de la Justicia de América, donde se encontraron con Tornado Rojo (quien decidió mantener los ojos sobre ellos).Superboy se interesa por Serling, pero ella no lo nota al primer momento y se acerca más que nada a Guardián. Superboy tiene que responder cuando asaltan el Whiz Wagon y entra a Demolition Run, una carrera letal de cross country la cual compromete a todo aquel vehículo de alta gama. Él ladrón resulta ser Roxy, quien está desesperada por dinero para ayudar a su padre. Incluso con Superboy y Mickey Cannon ayudándola, el Whiz Wagon queda en perdida total y Fastbak gana la carrera. Superboy se da cuenta que todo estaba arreglado por Mr. Big, y le dice a Fastbak esto para reclamarle más dinero. Big decide hacer el trato, pero le dice a Superboy que no se olvidará de esto.
Superman aparece en Cadmus y le dice a Superboy que fuera con él a la Fortaleza de la Soledad. Una vez allí, el chico visita de manera virtual Krypton. Luego de que Superman le hable al muchacho diciéndole que lo considera parte de su familia, éste le ofrece el nombre kryptoniano de Kon-El. Superboy acepta entre lagrimas de alegría esto, ya que por fin iba a poder tener un nombre real, el cual más tarde también usaría como Conner.Superboy fue uno de los primeros en explorar el Hipertiempo, luego de que un Superboy de una realidad alterna apareciera en la Watchtower, muriendo poco después debido a las heridas. Superman, Batman, y la Mujer Maravilla le explican sus experiencias con el Hipertiempo, y le piden a Superboy que sea parte de un experimento. Durante esta aventura, conoce a su contraparte villana, Black Zero, en una realidad donde él no había sido liberado de adolescente por Cadmus, ni Superman había vuelto a la vida. Black Zero se convirtió en un cruel tirano en ese mundo, y entonces le propone a los demás mundo juntarse a través del Hipertiempo. Él no entendía la resistencia que encontró con los otros Superboys, pero uno por uno los fue capturando y llevando a su guarida. Kon-El llevó a sus otros yo en un levantamiento que derrotó a Black Zero, y entonces regresó su propia linea temporal y realidad a la normalidad. Durante el viaje, también se entera de que Superman era Clark Kent. Al principio no dijo nada respecto a esto, pero ello llevó a fuertes discusiones por no habérselo contado quien era su más cercano.
Ellos llegan justo cuando comienza el Día del Juicio. Los trabajadores de Cadmus han desenterrado un antiguo guante, el Puño de Hyssa, el cual Guardián se coloca. El poder del mal lo carcome y escapa del proyecto luego de golpear a unos guardias. El Demonio Etrigan emerge, explicándoles que él estaba allí para ayudarlos. Etrigan y Superboy se las arreglan para derrotar al poseído Guardián, pero Superboy no está tan de acuerdo con la idea de darle el guante a Etrigan, quien lo ataca por su obstinación. Superboy se coloca el guante y derrota fácilmente a Etrigan, pero Dabney Donovan (a quien Guardián había liberado de Cadmus) aparece y se complementa con el chico para su nueva apariencia. El guante hace que su traje cambie a negro como el de Black Zero. Horrorizado, Superboy destruye el guante ocasionando un derrumbe. Etrigan salva a Donovan antes de irse. Luego de esto Kon-El decide regresar a Hawai para atar unos cabos sueltos.
En este tiempo, Superboy visita Smallville, en específico para ver a los Kent. Clark Kent llega allí, y al ver al muchacho éste piensa que él ya sabe su secreto, pero éste no sale y no le dice nada. Clark es reacio a salir con el chico, pero no porque lo odie, sino porque tiene miedo que Clark Kent y Superman luego con el tiempo no se diferencien. Aún así él sigue pensando que el muchacho sabe su secreto, mientras le enseña a ordeñar una vaca a Kon-El.
Aún frustrado por no haber sido capaz de dar a conocer la identidad secreta de Superman, el chico regresa a Metropolis. Se encuentra con Lois Lane y la lleva al Locomotive Park, donde el Hombre de Acero está luchando contra un monstruo de cuatro brazos. Ambos se ocuparon de la criatura. Superboy todavía se siente incómodo en cuanto a andar con él sabiendo lo que sabe de Superman, pero éste lo consuela al decirle que de todas las personas que usan el símbolo de la S es él a quien siente más cercano. Luego de irse, Superboy insinúa que Lois también sabe lo que él sabe, pero ella se limita a responder que todos se merecen algo de privacidad.
Luego de regresar a Cadmus, Superboy es rápidamente vencido. Agenda, usando a Simyan y Mokkari para crear una armada de clones, toma control del proyecto. Dubbilex, manipulado por un ser llamado Gene Gnome, ayuda a Agenda. Superboy y el resto de chicos buenos es puesto bajo la custodia de Amanda Spence, quien ahora alberga un odio especial contra el chico. Kon-El reúne las fuerzas de Cadmus, junto con Grokk, Hex, y hasta Krypto, en una lucha desesperada para recuperar el lugar. Lo único que pueden hacer de momento es una retirada temporal, cuando ven que Gene Gnome no sólo puede leer sus mentes, sino que también puede controlar el ejercito de clones. Mientras escapan, se cruzan con los Wild Men (Gorr, Growler, y Howler) quienes habían escapado de las manos de Agenda en Alaska, donde también habían rescatado a Tana Moon. Al darse cuenta de que Gene Gnome no puede leer las mentes de los no-humanos, deciden realizar un contraataque al proyecto dejando atrás a Serling, Tana y Krypto. Luego de dejarlos, Dubbilex y Gene Gnome emergen ante los tres, pero Dubbilex se las arregla para sacarse el control mental que había sobre él y derribar a su ex-amo. La fuerza de choque compuesta por Superboy, Guardián, Mickey Cannon, Hex, Grokk, Angry Charlie y el trío de Wild Men, derrotan al ejercito de Agenda y retoman el control. Un mensaje holográfico de la Directo Beta de Agenda (la Contessa Erica Alexandra del Portenza) los alerta de una plan de contingencia contra Washington. Mientras sospechan que es una trampa, Superboy decide ir a investigar de todos modos.
Una protesta pública contra las acciones de Justicia Joven en el Monte Rushmore dio lugar a una convocatoria de super-héroes en Washington. Los héroes quedan todos sorprendidos al ver como Superboy está traicionando en la prensa a sus compañeros, pero luego se dan cuenta que en realidad éste no era Superboy sino que se trataba de Match, quien se había infiltrado en Justicia Joven mientras el verdadero Kon-El se encontraba prisionero en Cadmus. El verdadero Superboy aparece en escena para acabar con su clon. A medida que aumenta la tensión, la Condessa y su compañero, Klarion, promulgan su plan. Klarion altera las edades de todos los presentes, convirtiendo a los adultos en niños, haciendo que los héroes más antiguos vuelvan a ser chicos, y al revés con los jóvenes haciéndolos adultos, a excepción de Superboy quien seguía teniendo 16 años.El hechizo para cambiar las edades de todos se ve frustrado por el caso especial de Superboy, lo que produce que su cuerpo comience a desgarrarse a un nivel molecular, como una guerra consigo mismo. Chica Maravilla ayuda a Superboy a volver a Cadmus, llegando justo después de Match (nuevamente bajo la apariencia del chico) y es capaz de mantenerse firme contra Chica Maravilla y el debilitado chico. Guardián y Mickey se preparan para hacerle frente a los clones de Agenda que se habían unido, y retroceden, pero Dabney Donovan sorprende a todos. Dejando escapar a Simyan y Mokkari, Donovan libera un gas con un virus letal el cual sólo afecta a los soldados de Agenda. Todos los clones malditos son desintegrados, aunque Match escapa mediante la activación de un teletransportador. Superboy es llevado a la bahía médica, con Tana a su lado quien sigue enamorada de él. Serling es capaz de curar su condición de envejecimiento, y al hacerlo el hechizo de las edades lo hace un completo adulto. Al salir del laboratorio, él abraza a Tana. Amanda Spece mira esto y activa un dispositivo ubicado en el cuello de Tana y la mata. Ella se regodea contra Superboy diciéndole que ahora sabe lo que ella sintió cuando su padre Paul Westfield murió. Luego de que Superboy la venciera ella se teletransportó.
Superboy cuando es restaurado a su edad, pierde sus poderes. Guardián le dice que se tome un tiempo para llorar y de paso ver la vida como un "chico normal". Él intenta hacer eso, pero el mundo sigue girando: Tana a muerto, sus poderes se han ido, y Dubbilex decide dejar el Proyecto Cadmus. Los Wild Men parten hacie lugares desconocidos, Hex decide tomar a Grokk y convertirse en una caza recompensas, y Heat Wave ahora está trabajando para Guardián. Superboy decide que debe seguir con su lucha, y va con Gadget Guru para que lo ayude a volver a ser Superboy.
Él todavía posee su anillo de legionario y al mismo tiempo hace un entrenamiento especial con Guardián. Gadget Guru hace un escudo para él, el cual es casi indestructible y minimiza los ataques que pueda sufrir. Apenas comienza su nueva formación como Superboy, junto con Guardián y Mickey, cuando es secuestrado por Kossak el esclavista. El chico y sus amigos se las arreglan para juntar a todos los esclavos prisioneros y hacer una revuelta en contra de su odiado amo. Luego de luchar contra todos los esclavos de Kossak, la revuelta tiene éxito. Kossak huye en una nave dirigiéndose hacia la Tierra. Superboy lo persigue hasta el proyecto donde descubre que la verdadera razón del enemigo era recuperar a un esclavo fugitivo, el cual se había fusionado con Roxy Leech. El alienígena tiene poderes de calor y restaura los poderes del muchacho por completo, lo que permite que Kon-El capture a Kossak. Superboy luego le da un nuevo escudo a Guardián el cual puede reducir el daño.
Roxy todavía sigue en poder del alienígena. Usando su cuerpo, es liberado de Cadmus y llega a una ciudad llamada Kurtzberg. Los recién formados nuevos Titanes llegan a la escena para mantener la situación, pero Superboy se pone a sí mismo entre ellos y Roxy. Cuando Guardián y Heat Wave llegan, una breve batalla se lleva a cabo. Cuando todos los héroes se las arreglan para calmarlo, el alienígena se libera del cuerpo de Roxy y vuela hacia el espacio. Kon-El le dice a Roxy lo mucho que él piensa en ella como una familia, mientras ella le dice lo mismo. Ella y su padre se van por un tiempo para pensar en el uno y en el otro, pero ella promete regresar en algún momento.Luego de la batalla, Guardián se da cuenta que el hombre del que había sido clonado (Joy Harper) estaba relacionado con Roy Harper, quien ahora era Arsenal de los Titanes. Luego de esto, Superboy lleva a Guardián a Nueva York para conocer a Roy y Linda Harper en Guerreros. Mientras tienen un encuentro familiar, Superboy derrota a un enemigo llamado Negativo G.
Después de ser objeto de burla por parte de algunos adolescentes y sentirse desanimado, Superboy se siente como que está en un bache. Luego una charla con Superman lo ayuda a darse cuenta de que sólo tiene que sacudir un poco las cosas. Por ello decide adoptar un nuevo uniforme, abandona la chaqueta de cuero y la racionalización de la mirada.
Más adelante, cansado luego de una aventura con Batman y Batichica, Superboy le pregunta a Guardián para ir a Detroit y luchar en el lugar de Shrapnel. El chico se dirige al pantano de Florida cuando se encuentra con Gorgeous Gilly (quien desea casarse con ella). Luego de escapar de la escena, regresa a Cadmus y se entera de noticias sorprendentes. Guardián fue asesinado durante la batalla con Shrapnel.
Superboy organiza un equipo para acabar con Shrapnel. Durante la batalla, es contactado por Deadman, quien le dice que el alma de Guardián no puede seguir adelante. Guardián ha sido re-clonado (pero como un bebé) como parte de un plan para crear un ejército basado en él. Los D.N.Angels son enviados para tomar al bebé, pero Superboy las enfrenta en un supermercado y lleva al bebé con un amigo. Al día siguiente se encuentra con que el Proyecto Cadmus había sido cerrado por ordenes del presidente. El lugar está vacío, pero fue salvado por Justicia Joven, quienes exigen respuestas de Kon-El.
Luego de enderezar las cosas con sus compañeros de equipo, Superboy es llamado a Metropolis por Lois Lane para que se una a Superchica y Steel (en realidad Kelex) para dirigirse a Pokolikstan, luego de que Superman haya insistido en ir solo para enfrentarse a un misterio general. El equipo se encuentra con Superman y los batalladores Faora, Ignition y Kancer hasta que el general llega y comienza a golpear a Kal-El lo suficientemente duro como para romperle la mandíbula. El equipo rápidamente se retira de la escena. Todo esto es un preludio de Nuestros Mundos En Guerra.Superman se entera de que el Presidente Luthor se encuentra tramando algo lo cual involucra a Strange Visitor en las Torres Lex recientemente renovadas de Metropolis. Luego de ponerse al día con Serling y Hex (y el ya niño de unos 10 años Guardián), Superboy lidera una infiltración en las Torres Lex. Ellos liberan a Strange Visitor de una máquina, pero ella furiosa les dice que no es una prisionera. Talia Head, ahora encargada de LexCorp aparece diciéndoles que han infringido la ley y que se han robado propiedad del gobierno (es decir Guardián). Un hombre llamado General Good aparece con las D.N.Angels y los arresta militarmente.
Superboy y los demás son tomados bajo arresto en una nave espacial en órbita. El General Good les explica que tiene planeado crear un ejercito de clones de Guardián para utilizarlos como soldados en una próxima guerra, la cual no es entre los Estados Unidos y Pokolikstan, como todos temían, sino algo de mayor escala. Amanda Spence se encuentra trabajando para Good, ahora totalmente modificada como un cyborg. Kon-El se libera y y se enfrenta a Spence y las D.N.Angels, pero luego éstas últimas se dan cuenta que estuvieron del lado equivocado.Spence, quien se jacta de ya no necesitar ni comer o respirar, es derribada por Superboy. Él libera a Guardián, ahora ya más crecido, Heat Wave, y Serling. Guardián se encuentra conectado psíquicamente a los clones y sabe que los deseos de ellos son los mismos que los suyos. Él no quería ser traído de nuevo, pero esa opción le fue arrebatada, y dice que no será como ellos. Entonces los clones son destruidos. Viendo hacia el espacio, todos se dan cuenta que un inmenso ejercito de naves extraterrestres, y Apokolips entre ellas, se encuentra en la órbita de la Tierra. El general Frank Rock arriba, y toda bajo arresto a Good.
Es entonces cuando queda involucrado en los eventos de Nuestros Mundos en Guerra, primero ayudando a los héroes heridos, y luego cumpliendo una misión especial encargada por el Presidente Luthor donde con el resto de Justicia Joven deberían ir a Apokolips. La misión sale mal y son capturados por Granny Goodness. Impulso queda traumatizado cuando uno de sus "scouts de velocidad" es asesinado frente a él. El equipo finalmente es capaz de regresar a la Tierra. La guerra impacta profundamente a Superboy luego de haber visto tanta muerte y destrucción, como heridas en sus amigos más cercanos. Kon-El decide ir a descansar con los Kent, pero tiene algunas pesadillas al principio.Con Cadmus cerrado, Superboy se encuentra sin trabajo y sin un lugar a donde ir. Luego de que Chica Maravilla le insistiera en que encontrara un lugar por si mismo, se va a Metropolis, convirtiéndose en el "super" en un bloque de viviendas llamado Calvin Gardens. Una banda local llamada Run Riot Boys mantiene en velo al vecindario. También conoce a una joven mujer llamada Trixie.
Superboy decide hacer una fiesta de inauguración, donde aparece Chica Maravilla, pero Kon-El está enamorado de Trixie, y sin darse cuenta que su novio Wipeout, conde a los Run Riot Boys. Éste instruye a un miembro nuevo de la pandilla, Cooper, para que mate a Superboy. Cooper se hace amigo de Superboy, para luego traicionarlo y matarlo, pero justo llega la pandilla atacando el edificio. A la vez también aparece Scavenger, y luego de una breve lucha, Superboy lo convence de hacer una tregua. Superboy se compromete a reunirse con él en el Ace O'Clubs, pero la lucha contra los Run Riot Boys produce que pierdan esa reunión, y a la vez la destrucción del bloque de viviendas. Un par de cabos sueltos son arreglados, Dubbilex todavía estaba en su año sabático, mientras Superboy finalmente se las arregla para convencer a Scavenger de que él no estaba trabajando para su enemigo. Superman luego lleva a Superboy para que se quede con sus padres en Smallville por un tiempo.
Luego de que Justicia Joven se disolviera, Superboy pasaría a ser miembro de los nuevos Jóvenes Titanes, pero comienza a dudar de sí mismo y sus habilidades cuando descubre que Lex Luthor fue el verdadero donador de ADN. Luego se queda en la granja de los Kent por más tiempo.
Durante Crisis Infinita, Superboy-Prime aparece, acosando a Superboy de ser un fracaso lo cual desemboca en una batalla. Conner se encuentra perdiendo la batalla, pero llama a unos aliados lo que resulta en una lucha en la cual Superboy-Prime es llevado por la Speed Force, pero no sin dejar bajas. Superboy resulta herido y necesita de tratamiento médico. Kon-El es forzado a luchar nuevamente contra Superboy-Prime, pero mientras al mismo tiempo detiene los planes de Prime de crear un nuevo multiverso, Conner es golpeado hasta la muerte por el super poder del planeta en movimiento de Prime. Superboy es enterrado en Metropolis bajo su propia estatua, situada al lado de las tumbas de Kal-L y Lois Kent, y el Culto a Conner comienza pronto, esperando su regresar.
Conner se instala nuevamente en Smallville, volviendo a vivir con Martha Kent, quien está encantada de tener al chico en casa luego de la muerte de su marido, Jonathan Kent. Conner regresa a la Secundaria de Smallville y comienza a llevar un diario de todo lo que Superman ha hecho con su traje de super-héroe, bajando una lista titulada: "¿Qué ha hecho Superman?". Él y un recientemente regresado Bart Allen supuestamente reúnen a los Jóvenes Titanes, y Conner simboliza que el equipo debe juntarse de nuevo destruyendo su estatua memorial afuera de la Torre Titan del Este.Luego de visitar la casa de la infancia de Lex Luthor en Smallville, Superman aparece para hablar con Superboy sobre el tema del "otro padre". Kal-El le dice que no se preocupe por Lex, ya que él era problema suyo y no del chico. Conner remarca que la próxima vez que vea a Lex será "muy pronto". Poco después Conner regresa a casa y hace una lista similar a la que hizo con Superman llamada: "¿Qué hace Lex Luthor?". Conner tacha eso y pone "Mentiras de Superman".
En su intento de hacerle frente a su legado compartido, acepta tener una cita con Chica Maravilla. El conflicto entre abrir su corazón con su novia (por lo tanto "decir la verdad" de cómo Superman hizo su vida), y mentir deliberadamente para evitar tocas temas con Cassie, ultiman a que Conner decida compartir sus deseos y miedos con ella, y ese deseo de encontrarse a si mismo mediante el recurso de su legado, sólo para encontrarse consigo mismo. Cassie se siente algo tocada con este tema lo cual aumenta sus dudas, sobre todo ese deseo de él de ser más como el Hombre de Acero, y que Conner finalmente la dejara como hizo Clark Kent con Lana Lang, y se siente obligada a admitir que tuvo un pequeño acercamiento con Tim Drake. Conner la perdona rápidamente, diciendo que él estaba muerto, y que ella no tenía porqué saber sobre su futura resurrección, y por ello su relación con Robin no tendría que ser considerada una aventura. Mientras se dan un beso de reconciliación, Martha Kent se los queda mirando recordando su pasado con Jonathan y Clark.
Luego de esto, el antiguo Guardián del Universo, Scar, se encuentra discutiendo con Lex Luthor sobre su lugar en La Noche Más Oscura. Además éste guardián le hace mención a Lex sobre lo "otro" que debe tener control. El personaje al que se hace mención se refleja en una imagen de Conner volando sobre Smallville. La única elaboración luego de la imagen de Kol-El es: "... pero él está muerto. Y nosotros controlamos a los muertos. Por una vez soy el testimonio del libro negro, y me pregunto qué me mostrará, los muertos te salvarán, Luthor. Desde Brainiac. Hasta Superman. Y tú mismo".
Durante La Noche Más Oscura, Conner ha regresado a la actualidad. Se lo ve a Conner junto con Martha y Clark en la tumba de Jonathan, donde Superboy dice: "Yo... yo estuve aquí. Debería haber sido en lugar de...", cuando Martha lo consuela, y le dice que Jonathan hubiese querido que ambos, él y Clark, se pusieran de pie. Sin saberlo, el Cuerpo de Linternas Negras están apuntando a Conner y Clark entre otros resucitados.El Cuerpo envía Kal-L y Lois Lane de Tierra-Dos para que ataquen a la familia Kent, luego de que son revividos y le declaran a los tres sus deseos de que ellos se reunieran con Jonathan Kent en la muerte. Mientras Superman lucha contra Kal-L, Conner se encuentra con el Linterna Negra Psycho-Pirate quien lo manipula para que ataque a Superman. Sin embargo Conner se las arregla para salirse de este control justo cuando Kal-L está por arrancarle el corazón a Superman. Utilizando su telequinesis táctil por primera vez desde que fue reanimado, Conner empuja a Kal-L lejos de Superman. Se revela que Conner se estaba guardando esos poderes telequineticos táctiles hasta que ellos mismos se manifestaran, en un intento de ser más que Superman. Conner entonces va tras Psyco-Pirate, robando la Máscara de Medusa y usa sus habilidades emocionales para atraer los anillos negros, haciendo que éstos se salgan de sus poseedores volviéndolos a ellos nuevamente cadáveres sin vida.
Superboy, junto con los pocos miembros disponibles de los Jóvenes Titanes y la Liga de la Justicia, van hacia Ciudad Costera para luchar contra Nekron. A pesar de haber sido resucitado, el estado anterior de Conner permite que un anillo negro de Nekron pueda tomar posesión sobre él, y así transformándolo en un Linterna Negro. Luego se lo ve luchando contra Lex Luthor, quien ahora es un representante de los Linternas Naranjas, con una versión Linterna Negra de Superman.
Luego de esto, Conner está involucrado con Mon-El quien respalda a Superman en el Nuevo Krypton. Él le pregunta a Kon-El si desea entrar a la Fortaleza de la Soledad para recuperar su nave de Daxam. Conner y Mon-El se unen a un equipo secreto de la Legión de Super-Héroes en el presente. Ellos se dirigen al Nuevo Krypton para ayudar en la batalla contra Brainiac sin destruir las ciudades de botellas que más adelante se unirán a la Unión de la Planetas y que serán los futuros hogares de miembros de la Legión.Luego Superboy se reúne con Guardián, Steel, Nightwing, Flamebird y Krypto para denunciar y detener los planes del general Lane para acabar con los kryptonianos. Conner salva a la Liga de la Justicia de América y Superchica de Non y Ursa, a quienes luego encierran en la Zona Fantasma. Luego de eso, él y Krypto ayudan a Superman contra Zod y sus soldados, pero Zod hiere a Krypto lo que hace que Conner lo deje para salvar a su perro, y así el proyector de la Zona Fantasma queda en posesión de Superman, quien lo utiliza par encerrar a Zod y a él mismo en la Zona Fantasma. Luego Superman es liberado por Chris Kent.
Static es secuestrado mientras visita su ciudad natal, Dakota, y los Jóvenes Titanes van a rescatarlo. Frustrados por la falta de progreso en el equipo, Chico Bestia llama a Cyborg (ahora miembro de la Liga de la Justicia) para que los ayude. Éste le dice aireada mente que se encarguen ellos de sus propios problemas, pero luego repiensa su posición y llama a Bartholomew Allen II (Chico Flash) y Conner en los Laboratorios S.T.A.R. para decirles que regresaran con los Titanes. El resto de Titanes intenta rescatar a Static de un metahumano muy poderoso llamado Holocausto, pero son fácilmente vencidos. Holocausto está por terminar con los héroes, cuando Bart, Conner y Cyborg irrumpen rompiendo paredes para enfrentarse al villano. Conner comenta que es tiempo de abandonar su retiro de los Titanes. Conner intenta desesperadamente vencer al villano, pero Holocausto se muestra tan poderoso que ni siente los ataques de Conner, sino que daña gravemente al kryptoniano. Cooner y Bart logran distraer a Holocausto para que los demás Titanes escapen, y finalmente la fuerza combinada de todo el equipo es capaz de detenerlo. En el viaje de regreso a San Francisco, Conner le pregunta a Cassie si ella lo estaba ignorando, y ella simplemente responde que sí lo estaba. Conner y Cassie logran volver brevemente. Él sigue viviendo en Smallville, y en la Secundaria del lugar, él le dice a su amigo Simon Valentine que si él iba a ser amigo de Superboy, entonces ya no podría ser visto con él de nuevo. Conner evita a Lori Luthor debido a sus "asuntos familiares", luego Conner es atacado por Parásito y Hiedra Venenosa, quienes destrozan la ciudad. Conner y Bart deciden hacer una carrera entre Superboy y Chico Flash para recaudar fondos. Luego, mientras está en la escuela, eun ataque de Prime Hunters se produce, y Lori descubre que Conner es Superboy.
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